Os organismos aquáticos respondem rapidamente às alterações das condições do ambiente, seja pela sua redução ou ampliação do número de espécies presentes. Diante disso, sabemos que determinados indivíduos provocam a eutrofização do meio ambiente (aumento anormal da carga de nutrientes), o que pode resultar em desequilíbrio ambiental e na redução da biodiversidade (fauna e flora). Além disso, um dos problemas mais graves ocorre quando há casos de toxicidade no ambiente, devido à capacidade de certos organismos de liberar compostos potencialmente tóxicos.

Portanto, para garantir a qualidade da água, é fundamental realizar um monitoramento adequado da água bruta. Nesse sentido, análises qualitativas e/ou quantitativos dos biológicos são necessárias, utilizando métodos apropriados que gerem resultados confiáveis.

A seguir, alguns dos principais dentre os vários grupos biológicos.

Fitoplâncton: comunidade vegetal microscópica que flutua livremente na coluna de água;

Zooplâncton: comunidade de animais, geralmente microscópicos, que flutuam livremente na coluna de água e, embora tenham movimentos próprios, não conseguem vencer as correntezas;

Zoobentos: também conhecidos como organismos bentônicos, são animais que vivem associados ao substrato, seja ele inconsolidado (lama, areia, cascalho) ou consolidado (rochas, corais, estruturas metálicas, plantas);

Ictioplâncton: composto por ovos e estágios larvais planctónicos de peixes;

Malacofauna: estuda a diversidade biológica de moluscos, sendo a maioria de seus representantes marinhos, embora existam espécies vivendo em água doce e ambiente terrestres.